Создание уполномоченного органа по делам государственной службы непосредственно связано со становлением государственной службы в Кыргызской Республике.
После приобретения независимости страной закономерно возникла необходимость преобразования советской модели государственной службы, реформирования ее организационно-правовой базы и практики функционирования. В этой связи в 1996 году было принято Временное положение об основах государственной службы в КР, в 1999 году — Закон Кыргызской Республики «О государственной службе».
Вопросы организации государственной службы находились в ведении Администрации Президента Кыргызской Республики, Аппарата Правительства Кыргызской Республики, также возлагались на руководителей министерств и ведомств.
Но отсутствие единой системы организации государственной службы и подбора кадров, при которой решающая роль отводилась только первым руководителям, негативно отражалось на деятельности государственных органов.
При активном содействии гражданского общества и международных организаций в 2004 году была принята новая редакция Закона «О государственной службе», направленная на развитие профессиональной государственной службы в стране. Также был принят закон Кыргызской Республики «О декларировании и публикации сведений о доходах, обязательствах и имуществе лиц, замещающих политические и иные специальные государственные должности и их близких родственников».
В следствие принятия указанных законов, 18 сентября 2004 года Указом Президента Кыргызской Республики был создан уполномоченный орган по делам государственной службы — Агентство Кыргызской Республики по делам государственной службы.
Цель создания данного органа — реализация законодательства в сфере государственной службы, а именно, обеспечение преемственности, стабильности и независимости профессиональной государственной службы, привлечение на государственную службу квалифицированных кадров, создание стимулов для более эффективного и добросовестного выполнения государственными служащими своих обязанностей, усиление институциональных мер по управлению государственной службой для осуществления единой государственной политики в сфере государственной службы.
На Агентство были возложены задачи по разработке и принятию соответствующих нормативных правовых актов и единых правил, обязательных для государственных органов, внедрению системы конкурсного отбора на государственную службу, обеспечивающей открытость и прозрачность при приеме на работу, формирование национального резерва кадров, координирование вопросов подготовки, повышения квалификации государственных служащих.
В 2009 году данное Агентство преобразовано в Государственную кадровую службу Кыргызской Республики. В 2012 году на Государственную кадровую службу Кыргызской Республики также были возложены функции по развитию законодательной базы муниципальной службы.
— налажены связи по сотрудничеству с международными и донорскими организациями по вопросам подготовки и повышения квалификации государственных и муниципальных служащих;За последние 3 года Государственной кадровой службой Кыргызской Республики разработаны более 50-ти нормативных правовых актов, направленных на развитие и реформирование государственной и муниципальной службы. Они были утверждены соответствующими Указами Президента Кыргызской Республики и актами Правительства Кыргызской Республики.
За последние 200 лет местное самоуправление развилось во всем мире, так как ключевым критерием демократичности государства является осуществле¬ние властных полномочий, функций управления, установления форм жизнедеятельности граж¬дан через согласование интересов различных общественных групп и, соответственно, их участие в этих процессах.
С вступлением Кыргызстана в мировое сообщество в качестве независимого демократического государства возник и институт местного самоуправления. Еще, будучи в составе Советского Союза, Верховный Совет Республики Кыргызстан 19 апреля 1991 года принял Закон «О местном самоуправлении в Республике Кыргызстан», установивший принципиально отличные от практики централизованного управления нормы и правила организации местной власти.
При этом, конституционное закрепление местное самоуправление получило в первой Конституции Кыргызской Республики, принятой 5 мая 1993 года. В дальнейшем, муниципальная реформа обрела большую системность в 1999 году, когда Указом Президента от 2 августа 1999 года была утверждена Концепция дальнейшего развития местного самоуправления в Кыргызской Республике на 1999-2001 годы. В Концепции были обозначены основные стратегические направления развития местного самоуправления, включая обоснование необходимости усиления полномочий представительных органов самоуправления – местных кенешей.
Второй десятилетний этап развития местного самоуправления характеризуется принятием в 2001 году нового Закона «О местном самоуправлении и местной государственной администрации». Если на первом этапе по вопросам местного самоуправления в основном издавались указы Президента, то с этого времени местное самоуправление начинает регулироваться на основе законодательных актов. В этот период (2001-2005 годы) в республике была введена должность Министра Кыргызской Республики по делам местного самоуправления и регионального развития.
В истории местного самоуправления в Кыргызской Республике особое место занимает Национальная стратегия децентрализации государственного управления и развитие местного самоуправления в Кыргызской Республике до 2010 года», принятая Указом Президента в 2002 году. Она была направлена на дальнейшую децентрализацию государственного управления и развитие местного самоуправления в стране, а также на широкое вовлечение местных сообществ в управление делами местного значения. Реализацию Национальной стратегии осуществляло Национальное агентство Кыргызской Республики по делам местного самоуправления (НАМСУ КР), образованное Указом Президента от 28 октября 2005 года УП № 503.
Однако, в связи с изменениями полномочий Президента и исполнительной власти после принятия Конституции в 2010 году, в рамках оптимизации структуры Правительства, в 2012 году, его функции, с упразднением НАМСУ КР были переданы вновь образованному Государственному агентству по строительству и региональному развитию при Правительстве Кыргызской Республики, т.е. вопросы местного самоуправления были переданы государственному органу с полномочиями и функциями, далекими от вопросов развития местного самоуправления. В результате вопросы развития местного самоуправления отошли на второй план работы указанного органа, выработка и реализация государственной политики в сфере местного самоуправления, практически приостановилась в течение деятельности указанного органа.
В связи с этим, осознавая необходимость создания условий для устойчивого развития системы местного самоуправления для решения вопросов благосостояния местного населения, принимая во внимание необходимость обеспечения межэтнического согласия и укрепления (после трагических июньских событий 2010 года), постановлением Правительства от 5 марта 2013 года №109 образовано Государственное агентство по делам местного самоуправления и межэтнических отношений при Правительстве Кыргызской Республики (ГАМСУМО).
Постановлением Кабинета Министров Кыргызской Республики от 6 августа 2021 года № 116 ГАМСУМО было преобразовано в Государственное агентство регионального развития при Министерстве сельского, водного хозяйства и развития регионов Кыргызской Республики.
Указом Президента Кыргызской Республики от 5 ноября 2021 года УП № 520 образовано Государственное агентство по делам государственной службы и местного самоуправления на базе Государственной кадровой службы Кыргызской Республики и Государственного агентства регионального развития при Министерстве сельского хозяйства Кыргызской Республики.